Các bài viết liên quan
- Virus PCR
- Norovirus test nhanh
- MTB (Mycobacterium tuberculosis) kháng thuốc Bedaquiline MIC trên môi trường thạch
- MTB (Mycobacterium tuberculosis) kháng thuốc MIC trên môi trường lỏng
- MTB (Mycobacterium tuberculosis) định danh TB-LAMP
- MTB (Mycobacterium tuberculosis) kháng INH nồng độ cao môi trường lỏng
- MTB (Mycobacterium tuberculosis) định danh TRCReady
- Vi sinh vật nhiễm khuẩn đường ruột Real-time PCR đa tác nhân
- Vi sinh vật nhiễm khuẩn hô hấp Real-time PCR đa tác nhân
- Vi sinh vật nhiễm khuẩn não-màng não Real-time PCR đa tác nhân
Neisseria gonorrhoreae kháng thuốc giải trình tự gene
Quyết định số: 6769/QĐ-BYT
Ngày ban hành: 08/11/2018 12:00
Đại cương
1. Mục đích
Phát hiện sự thay đổi trình tự nucleotide trên hệ gene của Neisseria gonorrhoreae có liên quan đến khả năng kháng thuốc.
2. Nguyên lý
Dựa trên trình tự nucleotide đặc trưng của gene mã hóa cho đặc tính kháng thuốc của vi khuẩn bằng kỹ thuật giải trình tự gene.
Chuẩn bị
1. Người thực hiện
- Người thực hiện: Nhân viên xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng nhận về chuyên ngành Vi sinh (và/hoặc sinh học phân tử/ sinh học/công nghệ sinh học)..
- Người nhận định và phê duyệt kết quả: Người thực hiện có trình độ đại học hoặc sau đại học về chuyên ngành Vi sinh (và/hoặc sinh học phân tử/ sinh học/công nghệ sinh học).
2. Phương tiện, hóa chất (Ví dụ hoặc tương đương)
2.1. Trang thiết bị
- Tủ an toàn sinh học cấp 2
- Máy nhiệt
- Máy ly tâm 25000 x g
- Máy ly tâm dùng cho tube 0,2 ml
- Máy vortex
- Máy PCR
- Máy giải trình tự gene
- Bộ lưu điện
- Ống Eppendorf 1,5 ml hoặc 2 ml
- Các loại Micropipette điều chỉnh được: 1000µl, 200µl, 100µl, 10µl
- Đầu côn có màng lọc 10 μl, 100 μl, 200 μl và 1000 μl
- Tủ lạnh thường
- Tủ âm sâu (20°C) hoặc (-70°C) (nếu có)
2.2. Dụng cụ, hóa chất và vật tư tiêu hao (bao gồm nội kiểm, ngoại kiểm)
STT | Chi phí hóa chất, vật tư tiêu hao | Đơn vị |
1 | Giấy xét nghiệm | Tờ |
2 | Dụng cụ lấy bệnh phẩm | Que |
3 | Găng không có bột (DNase-RNase free) | Đôi |
4 | Sinh phẩm chẩn đoán | Test |
5 | Khấu hao sinh phẩm cho chẩn đoán và kiểm tra chất lượng | Test |
6 | Kit tách chiết DNA/RNA | Test |
7 | Ống Eppendorf 1,5 ml | Tube |
8 | Ống Eppendorf 0,2 ml | Tube |
9 | Đầu côn 10 ul có lọc | Cái |
10 | Đầu côn 30 ul | Cái |
11 | Đầu côn 200 ul có lọc | Cái |
12 | Đầu côn 1 ml có lọc | Cái |
13 | Ethanol BDH | Ml |
14 | Water-DEPC Treated | Ml |
15 | Thạch | Gram |
16 | Ladder | ml |
17 | Blue Juice Gel loading dye | ml |
18 | Ethidium Bromide (Redgel) | ml |
19 | TAE Buffer | ml |
20 | Giấy thấm | Cuộn |
21 | Giấy xét nghiệm | Tờ |
22 | Sổ lưu kết quả xét nghiệm | Tờ |
23 | Bút viết kính | Cái |
24 | Bút bi | Cái |
25 | Mũ | Cái |
26 | Khẩu trang | Cái |
27 | Găng tay xử lý dụng cụ | Đôi |
28 | Quần áo | Bộ |
29 | Dung dịch xà phòng rửa tay | ml |
30 | Cồn sát trùng tay nhanh | ml |
31 | Dung dịch khử trùng | ml |
32 | Khăn lau tay | cái |
33 | Ngoại kiểm (EQAS) (nếu thực hiện)* |
|
* Ghi chú:
- Chi phí ngoại kiểm cho quy trình kỹ thuật được tính cụ thể theo Chương trình ngoại kiểm (EQAS) là 1/200 tổng chi phí dụng cụ, hóa chất, vật tư tiêu hao (với số lần ngoại kiểm trung bình 2 lần/1 năm).
3. Bệnh phẩm
Dịch niệu đạo, cổ tử cung hoặc chủng vi khuẩn lậu.
4. Phiếu xét nghiệm
Điền đầy đủ thông tin theo mẫu phiếu yêu cầu
Các bước tiến hành
Các bước tiến hành thực hiện theo phương tiện, hóa chất được ví dụ trên.
1. Lấy bệnh phẩm
Theo đúng quy định của chuyên ngành Vi sinh (Xem phụ lục).
2. Tiến hành kỹ thuật
- Tách chiết DNA tổng số
- Thực hiện PCR gene kháng thuốc
- Điện di kiểm tra sản phẩm
- Giải trình tự gene
- Kiểm tra sự thay đổi nucleotide của gene kháng thuốc và kết luận
Tai biến và xử trí
- Trong trường hợp không có sản phẩm PCR, cần phải kiểm tra lại quá trình tách chiết DNA tổng số, chất lượng primers và master mix, và thực hiện lại.
- Nếu trình tự DNA bị nhiễu cần phải kiểm tra lại độ đặc hiệu của sản phẩm PCR hoặc quá trình chạy PCR sequencing bị nhiễm chéo.