Các bài viết liên quan
- NGHIỆM PHÁP COOMBS TRỰC TIẾP
- ĐỊNH LƯỢNG VIRUS CYTOMEGALO (CMV) BẰNG KỸ THUẬT REAL-TIME PCR
- XÉT NGHIỆM PHÁT HIỆN ĐỘT BIẾN GEN BẰNG KỸ THUẬT MULTIPLEX PCR
- PHÁT HIỆN GEN JAK2 V617F BẰNG KỸ THUẬT AS-PCR
- XÉT NGHIỆM PHÁT HIỆN SỰ TỒN TẠI CỦA GEN BỆNH BẰNG KỸ THUẬT RT-PCR
- ĐỊNH LƯỢNG GEN BỆNH MÁU ÁC TÍNH BẰNG KỸ THUẬT REALTIME PCR
- KỸ THUẬT NESTED RT-PCR PHÁT HIỆN GEN LAI BCR/ABL
- PCR CHẨN ĐOÁN BỆNH ALPHA THALASSEMIA (05 ĐỘT BIẾN)
- TÁCH CHIẾT ARN TỪ MÁU NGOẠI VI/TỦY XƯƠNG
- TÁCH CHIẾT ADN TỪ MÁU NGOẠI VI/MÁU CUỐNG RỐN
PHÁT HIỆN ĐẢO ĐOẠN INTRON 22 CỦA GEN YẾU TỐ VIII BỆNH HEMOPHILIA BẰNG KỸ THUẬT LONG-RANGE PCR
Quyết định số: 2017/QĐ-BYT
Ngày ban hành: 09/06/2014 12:00
Đại cương
Hemophilia A là một bệnh rối loạn đông máu , nguyên nhân là do các đột
biến trên gen mã hóa yếu tố VIII. Khoảng 50% người bệnh hemophilia A thể
nặng là do đảo đoạn intron 22 của gen yếu tốVIII. Đảo đoạn này xuất hiện do sự
tái tổ hợp giữa vùng 5’ của gen yếu tố VIII (int22h1) với vùng lặp lại (vùng
tương đồng) ở phần cuối cùng trên cánh dài của NST X (int22h2 (proximal)
hoặc int22h3 (distal)). Kỹ thuật Longrange PCR với sự kết hợp của hai loại
enzym: enzym đọc sửa và enzym có hoạt tính tổng hợp đoạn ADN lớn cho phép
khuếch đại các vùng ADN tái tổ hợp này tạo ra sản phẩm PCR có kích thước 10-
12kb. Sản phẩm PCR này được phát hiện khi điện di trên agarose và đọc trên hệ
thống đọc gel.
Chỉ định điều trị
Xét nghiệm này chỉ định cho tất cả các người bệnh mắc bệnh Hemophilia
A thể nặng.
Chống chỉ định
Không có chống chỉ định.
Chuẩn bị
1. Người thực hiện
- Kỹ thuật viên xét nghiệm sinh học phân tử đã được đào tạo
2. Phương tiện - Hóa chất
2.1. Phương tiện
- Máy PCR;
- Hệ thống máy điện di, hệ thống đèn cực tím soi gel, hệ thống máy chụp
ảnh;
- Buồng vô trùng (biology cabinet);
- Máy ly tâm tốc độ cao (tốc độ tối đa 14.000 vòng/phút);
- Máy vortex;
- Các loại pipet 10 µl, 20 µl, 100 µl, 200 µl, 1000 µl;
- Đầu côn có màng lọc;
- Ống eppendorf 1,5 ml vô trùng, không có enzym nucleaza;
- Ống PCR 0,2 ml vô trùng, không có enzym nucleaza;
- Tủ lạnh 4-8oC, tủ âm sâu -20oC;
- Găng tay.
2.2 Hóa chất
- Sử dụng kit tách ADN thương mại. Nếu tách thủ công thì sử dụng các
sinh phẩm cần thiết để tách chiết ADN như proteinase K, đệm ly giải tế bào,
phenol/chloroform, cồn tuyệt đối.
- Hóa chất chạy Longrange PCR gồm: Kit LongRange PCR, MgCl2,
dNTPs, 7-deaza-dGTP, DMSO, enzym kéo dài chuỗi, nước khử ion vô trùng,
các cặp mồi đặc hiệu, theo bảng sau:
P | 5’GCCCTGCCTGTCCATTACACTGATGACATTATGCTGAC3’(38-mer) |
Q | 5’GGCCCTACAACCATTCTGCCTTTCACTTTCAGTGCAATA 3’(3- mer) |
A | 5’CACAAGGGGGAAGAGTGTGAGGGTGTGGGATAAGAA 3’ (36-mer) |
B | 5’CCCCAAACTATAACCAGCACCTTGAACTTCCCCTCTCATA3’(40- mer) |
- Hóa chất điện di: thạch agarose, đệm tra mẫu, thang chuẩn ADN, thuốc
nhuộm ethidium bromide.
3. Bệnh phẩm
2 ml máu ngoại vi đựng trong ống chống đông EDTA.
4. Phiếu xét nghiệm
Có đầy đủ các thông tin cần thiết về người bệnh, về chẩn đoán và yêu cầu
xét nghiệm.
Các bước tiến hành
1. Lấy bệnh phẩm
2 ml máu ngoại vi chống đông bằng EDTA.
2. Tiến hành kỹ thuật
Bƣớc 1: Tách chiết ADN
Xem bài “Tách chiết ADN từ máu ngoại vi”.
Bước 2: Thực hiện phản ứng Long-range PCR
- Ghi tên các ống phản ứng.
- Pha 2 master mix PCR trong box vô trùng tại phòng tiền PCR theo bảng
sau:
+ Master mix1 (MM1):
202
Thành phần | Thể tích |
dATP(10mM) | 1,25μl |
dCTP(10mM) | 1,25μl |
dTTP (10mM) | 1,25μl |
dGTP (10mM) | 0,625μl |
7-deaza-dGTP (10mM) | 0,625μl |
Oligo-P (10pmoles/ ) | 0,5μl |
Oligo-Q (10pmoles/ ) | 0,5μl |
Oligo-A (10pmoles/ ) | 0,2μl |
Oligo-B (10pmoles/ ) | 0,2μl |
10X buffer | 2,0μl |
DMSO | 0,4μl |
+ Master mix 2 (MM2)
Longrange PCR enzym mix (5UI/ μl) | 0,5μl |
10X longrange PCR buffer | 0,5μl |
Nước cất | 4,0μl |
- Trộn đều các ống master mix, ly tâm nhẹ để dung dịch xuống đáy ống hoàn
toàn;
- Chia 8.8μl MM1 vào các ống PCR 0.2ml đã chuẩn bị;
- Bổ sung 10-20ng ADN mẫu và chứng cùng với nước khử ion vô trùng
cho đủ thể tích ống phản ứng là 20μl;
- Chạy PCR: Đặt ống phản ứng vào máy PCR, ấn start đợi khi máy đã
chạy xong chu kỳ biến tính lần đầu ở 95οC/30s. Ấn “Pause”;
- Mở nắp ống phản ứng, bổ sung 5μl MM2 vào mỗi tube và trộn đều bằng
pipet. Ấn “Resume”.
Bƣớc 3: Điện di kiểm tra sản phẩm Longrange PCR
Chuẩn bị gel agarose;
- Cân 0.5 g agarose cho vào bình thủy tinh chịu nhiệt;
- Thêm 100 ml đệm điện di (TAE 1X /TBE 1X...) vào bình, lắc đều;
- Đun mỗi lần 1 phút trong lò vi sóng đến khi agarose tan hoàn toàn;
- Để ấm đến 60o rồi đổ vào khay đã cắm lược;
- Để nhiệt độ phòng 30 phút để thạch đông rồi mới rút lược ra.
Điện di:
- Lấy 5 µl sản phẩm PCR + 1 µl đệm tra mẫu + 4 µl dH20;
203
- Trộn đều và nhỏ vào các giếng theo thứ tự;
- Nhỏ 3 µl marker ADN vào giếng kế tiếp;
- Đặt bản gel vào máy điện di;
- Đổ đệm điện di ngập bản gel và chạy ở hiệu điện thế 90volt/1giờ, kiểm
tra băng, nếu có chạy tiếp ít nhất 12 giờ (có thể chạy tới 21 giờ). Nếu không thấy
có băng dừng chạy làm lại phản ứng PCR;
- Nhuộm bản gel với dung dịch ethidium bromide trong 5 phút;
- Chụp ảnh gel, in ảnh và dán vào worksheet.
Tai biến và xử trí
Lấy mẫu không đủ hoặc sai chất chống đông. | Thực hiện đúng hướng dẫn qui cách lấy mẫu. |
Thao tác pipet không chính xác. | Sử dụng pipet theo đúng thể tích quy định. |
Tín hiệu phản ứng không rõ ràng. | Bảo quản hóa chất đúng theo khuyến cáo của nhà sản xuất Thực hiện đúng, đủ các bước trong quy trình xét nghiệm. |
Tài liệu tham khảo
1. D J Bowen. Haemophilia A and Haemophilia B: molecular insights. J Clin
Pathol: Mol Pathol 2002; 55:1-8.
2. Keeney S et al. The molecular analysis of haemophilia A: a guideline from
the UK Haemophilia Centre Doctors' Organization Haemophilia Genetics
Laboratory Network. Haemophilia 2005; 11: 387-97.